Apollon’un kehaneti ve yol göstermesi üzerine Anadolu’ya gelen Magnetlerin kurdukları ilk Magnesia’nın yeri bilinmiyor. Diodor, Menderes Nehri’nin sürekli yatak değiştirip taşması sonucu meydana gelen salgın hastalıklar ve Pers tehlikesine karşı Atinalı Thibron’un kenti M.Ö. 400-399 taşıdığını yazmakta.
Yeni Magnesia çevresi surla çevrili, yaklaşık 1300×1100 metrekarelik bir alanı kapsayan, ızgara planlı cadde ve sokak sistemine sahip bir kentti. Priene, Ephesos ve Tralleis üçgeni arasında ticari ve stratejik açıdan önemli bir konuma sahipti. Magnesia’nın zamanımızdaki ünü tasarım ve uygulamalarıyla günümüze kadar ulaşmış olan mimar Hermogenes’ten kaynaklanmakta. Antik yazar, mimar Vitruvius’a göre Hermogenes, Pseudodipteros tapınak planını ve sütun aralıklarına göre tapınak tiplerini belirleyen ilk mimar. Vitruvius ayrıca Hermogenes’in baş eserinin Magnesia’daki Leukophryne Tapınağı olduğunu da söylemekte. Hermogenes, bu tapınağı arkaik döneme ait ilk tapınağın yıkıntıları üzerine Hellenistik Dönem’de inşa etmiş. Tapınak İon düzeninde 8×5 sütunlu olup 67,5×40 metre boyutuyla
Anadolu’nun Helenistik dönemdeki dördüncü büyük tapınağı.
1994-2001 yılları arasında Artemis kutsal alanında yürütülen kazı çalışmaları sonucunda tapınağın önündeki altar ile agora arasında mermer döşemeli tören alanı ortaya çıkartılmış. Tören alanı çevresi boyutları 3 metreye ulaşan tanrı kabartmalarıyla kaplı olup, önünde kurban halkaları yer alıyor. Törenlere katılacak dernek yada grupların duracakları yerleri belirten “Topos” yer yazıtları, alanın iki yanını sınırlayan döşeme blokları üzerinde bulunuyor.
Kutsal alanı çevreleyen stoadan bölümler de, kazılar sonucunda ortaya çıkartılmış. Magnesia’nın diğer önemli yapılarından biri de bugün mil altında kalarak ortadan kaybolmuş olan agorası. Agoraya, Artemis kutsal alanından kutsal bir kapıdan giriliyor. Agora 26 bin ketrekarelik boyutu ve 414 sütunu ile dönemin en büyük çarşıları arasında yer alıyor. Magnesia’da eski çalışmalarda Bizans Dönemi’ne ait olduğu düşünülen yapının, 1989-2001 yılarında yapılan kazı çalışmaları sonucu Homeros’un “Odyseia” adlı eserinden tanıdığımız köpek bacaklı Skylla’nın macerasını anlatan kabartmalarla betimlenmiş başlıkların kullanıldığı Roma dönemine ait “Çarşı Bazilikası” olduğu anlaşılmış.
Dini amaçlı törenlerde kullanılmak üzere yapılmakta iken heyelan nedeniyle yarım kalmış bir yapı olan Theatron, 32 kişilik Latrina (genel tuvalet) ile birlikte Magnesia’nın önemli yapıları arasında yerini almış. Magnesia’da bugün kısmen görülebilen diğer yapılar arasında ise Milet’teki Faustina Hamamı’nın bir kopyası olan hamam, Odeon, Stadion, spor ağırlıklı bir eğitim merkezi olan Gymnasion, Roma Tapınağı, Bizans Suru ve 5’inci yüzyıla ait enine planlı Çerkez Musa Camii sayılabilir.