Kent merkezinde, Mustafa Fakıh Mahallesi’nde, çarşı içerisinde yer alan Cami, türbe ve hamamdan oluşan bir külliye şeklinde inşa edilmiş. Ancaki, külliyeden sadece hamam orijinal durumunda günümüze gelebilmiş. 1897 yılında yıkılan cami ve türbe ise 1908’de Balıkesir Mutasarrıfı Ömer Ali Bey tarafından yeniden yaptırılmış. Balıkesir’in en büyük camisi olan Zağnos Paşa Camii, kare planlı olup, düzgün yontma taş ve kesme taştan yapılmış. Ortada dört ayak üzerine oturtulmuş merkezi bir kubbe etrafında dört adet köşe kubbesi ve aralarında yarım daire tonozlar yerleştirilerek inşa edilmiş.
Son cemaat yeri olmayan camide, ,ç bölüme kuzey, doğu ve batıdaki çift kanatlı ahşap kapılarla giriliyor. Üç yanda da kapıların önünde dört köşeli mermer sütunların taşıdığı, ahşap tavanlı, kurşun kaplı, eğimli bir çatı ile örtülü sundurmalar yer alıyor. Caminin ahşap kadınlar mahfili, kuzey koridoru boyunca uzanıyor. Ahşap yivli altı sütuna oturan mahfil ise kafesli. Mihrap, son dönem Türk sanatı özelliklerini taşıyan en güzel örneklerden. Balıkesir eşrafından Arabacıoğulları’ndan Hacı Hafız Efendi yaptırdığı Barok üslupta ve kesme taştan minare, caminin kuzeybatı köşesinde yer alıyor.Merkezi kubbe 1897 depreminde yıkılmış,
1902 tarihinde yeniden yapılmış. Kapı üzerinde Kelime-i Tevhid Ebced hesabı ile ilk inşaat tarihi olan h. 865 (1464) tarihi okunmakta. Cami avlusunda türbe, hazire ve şadırvan bulunuyor. 07.02.1923 tarihinde Atatürk bu camide ünlü hutbesini okutmuştu. Batıda, minare kaidesinin hemen yanında muvakkithane yer alıyor. Kesme taştan yapılmış. Caminin avlusunda, biri kuzeyde, diğeri batıda olmak üzere iki şadırvan bulunuyor. Kuzeydeki şadırvan on iki köşeli. Mermer şadırvanın içi Paşa Hamamı’ndan gelen su ile dolu ve ortasında mermerden, dilimli fıskiyesi bulunuyor. Son yıllarda şadırvanın üstü beş sade sütuna oturan bir kubbe ile örtülmüş. Diğer şadırvan ise, caminin ikinci kez yapımında yapılmış. Biçimi ve örtüsü açısından kuzeydekinin aynı olan bu şadırvanın diğerinden farklı olarak musluklu panolarında kabartma süsler ter alıyor ve fıskiyesi farklı. Ayrıca caminin dışında, kuzeydoğu köşesinde, mermerden beş yüzlü bir şadırvan daha bulunuyor.